麻醉科成立于儿童医院外科建立之初，于1997年独立为一级临床科室。拥有一批从事小儿麻醉多年、具有丰富临床经验的麻醉医师及小儿体外循环专业人才，多年来曾培养全国小儿麻醉及体外循环进修医师多名，在各类专业杂志上发表论文30余篇。
    科室现有在编麻醉医师16人，其中，副主任医师5人，主治医师8人，住院医师3人。硕士1名，硕士在读2名，本科9人。手术室现有手术间10个（含介入），年手术量7500例，其中小儿心脏直视手术600例。开展的技术有：
    1、小儿临床麻醉：包括硬膜外麻醉、骶管麻醉、臂丛及眶下神经阻滞、静脉麻醉、静吸复合麻醉、控制性降压、低温体外循环及深低温停循环麻醉、术中唤醒技术等。年龄范围在出生即刻至18岁，静脉全身麻醉最低体重为1.2公斤，近三年麻醉死亡率为零。特殊病人麻醉包括：小儿心脏移植1例、联体婴分离术2例、肾移植术1例脊柱侧弯矫治术数例、新生儿体外循环数百例等。
    2、急救与重症监测：重症病人的心肺复苏、呼吸及循环治疗；动静脉有创压力监测；深静脉置管行药物及深静脉营养治疗；颈内静脉穿刺置管行血液透析治疗等。
    3、小儿疼痛治疗：开展小儿术后急性疼痛治疗，具有满意的疗效。
    4、小儿体外循环技术：安全实施小儿体外循环技术数千例。

    麻醉科拥有进口麻醉机9台，进口监护仪10台，除颤仪2台；另有德国Jostra15 型 、Jostra20人工心肺机、变温毯、肌松监测仪等各类仪器设备。
 
    近年来开展的科研有：异丙酚对红细胞膜的影响、异丙酚抗氧化机制、小儿术后镇痛疗效观察等；小婴儿及新生儿围心内直视手术期凝血功能紊乱的研究及防治；学龄前儿童术后镇痛对应激反应的影响等。